既存の遺伝子のうち既に一方の遺伝子に欠失や変異が存在する場合には， 遺伝子の導入が適切な位置に行われないと，その遺伝子を分断して酵素活性を失わせてしまうことがある．
これが癌遺伝子を抑制する遺伝子などに起きると，癌を発生させることがある．